Biobanco

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Personal

El B-FJD cuenta con la financiación de un técnico y un doctor en biología con dedicación exclusiva a la actividad del Biobanco, concedida dentro de la convocatoria pública AES 2021-2023 Plataforma ISCIII de Biobancos y Biomodelos. Asimismo, cuenta con un responsable de Calidad de Biobanco. El personal implicado en los distintos nodos que componen el B-FJD desarrolla su actividad de forma complementaria a su actividad asistencial e investigadora.

Estructura organizativa del Biobanco:

• Titular del B-FJD: responsabilidad del Director Gerente del HUFJD
• Director Científico del Biobanco: Dr. Federico Rojo
• Coordinadora: Dra. Sandra Zazo
• Personal del Biobanco: contratado a través de la Plataforma de Biobancos 2021-2023 Plataformas de Apoyo a la I+D+i en Biomedicina y Ciencias de la Salud. Plataforma ISCIII de Biobancos y Biomodelos (técnico y doctor en biología)
• Responsable de Calidad de Biobanco
• Nodos o grupos adscritos al Biobanco:

El B-FJD está compuesto por los Nodos de Anatomía Patológica, Genética, Nefrología y Patología Vascular e Hipertensión, Microbiología, Hematología, Cardiología, Inmunología, Reumatología y la Unidad de Reproducción asistida, siendo todos ellos servicios adscritos a la Fundación Jiménez Díaz, así como el Nodo de Alergología del Hospital Universitario Infanta Elena y el Nodo Hospital Universitari General de Catalunya-Grupo Quirónsalud. El objetivo principal de la unidad en los últimos años ha sido dar respuesta a las nuevas necesidades en investigación y potenciar la transferencia de conocimiento. La Unidad ha trabajado en este último año para fortalecer su valor estratégico en los ámbitos de la Medicina de Precisión y de la Medicina Regenerativa sustentado en 3 pilares:

1) disponibilidad de nuevos modelos en Medicina de Precisión: xenoinjertos derivados de pacientes (PDX) y organoides en cáncer, enfermedades inflamatorias (enfermedades autoinmunes, reumáticas y patología inflamatoria osteoarticular) y enfermedades infecciosas.

2) disponibilidad de modelos en Medicina Regenerativa: células troncales humanas adultas y bioingeniería de tejidos.

3) uso de herramientas inteligentes para explotación de datos clínicos no estructurados, asociación de datos genómicos y análisis de imagen.

BIOBANCO

Ubicación y contacto

El Biobanco sigue un modelo descentralizado, por lo que no existe una ubicación física y el almacenamiento de las muestras depende de cada nodo.
Teléfono: 915504800/Extensión 2229
Email: szazo@fjd.es

Funciones y objetivos

El Biobanco de la Fundación Jiménez Díaz (B-FJD) es una infraestructura de alto valor estratégico sin ánimo de lucro, concebido como una plataforma descentralizada trasversal de apoyo al IIS-FJD. Desde su constitución en 2009, uno de los objetivos principales del B-FJD ha sido la integración de las actividades propias del biobanco en la actividad de los servicios asistenciales, siendo todos sus miembros personal con dedicación compartida asistencial. Esto ha posibilitado que actualmente la Unidad cuente con personal contratado por el IIS-FJD y el HUFJD implicados en la captación, registro de muestras biológicas y prestación de servicios.

Equipamiento

El Biobanco cuenta con equipamiento propio adquirido en su totalidad a través de la concesión de ayudas de la RETICS de Biobanco de ISCIII desde el año 2009 hasta el 2013.

El equipamiento e infraestructura disponibles en el B-FJD son:

• Sistema de gestión de la información que cumple con todos los requisitos de la LOPD, la aplicación se ha instalado en los servidores del HUFJD y se tiene acceso tanto en red como vía internet.
• Sistemas de almacenamiento de muestras: todos los equipos de congelación del B-FJD son de uso exclusivo para la conservación de muestras del biobanco. Todos ellos con conexión a red eléctrica de potencia de seguridad, depósito de CO2, registro continuo de temperatura y alarmas local y telefónica. Se dispone de: 9 equipos de -20ºC (2 equipos de back-up), 8 equipos de -80ºC (2 equipos de back-up), 2 equipos de nitrógeno líquido (1 equipo de back-up). Además, se dispone de un archivo de parafina a temperatura ambiente, ignífuga, ordenada y custodiada en cuarto de acceso restringido.
• Sistemas de purificación, cuantificación y evaluación de ácidos nucleicos: sistema Magna Pure Compact, sistemas EZ1 Advanced y Advanced XL; sistema Agilent Bioanalyzer 2100 con complementos y fungible para análisis de DNA, RNA, Nanodrop ND1000, QubitFluoremetric de Thermo Fisher Scientific.
• Sistemas de procesamiento de muestras líquidas y tisulares.
• Sistemas de análisis: sistemas de PCR a tiempo final y tiempo real, sistemas de pirosecuenciación y secuenciación masiva NGS, sistemas automatizados de realización de inmunohistoquímica (Autostainer de Dako).
• Sistemas de digitalización de imágenes.
• Material fungible de laboratorio, básico para el procesamiento, almacenamiento y valoración de calidad de muestras biológicas.

Actividad y cartera de servicios durante el 2023

Captación de muestras:

Durante el año 2023 se ha realizado el establecimiento de un banco de tumores humanos de xenoinjertos (PDX). Inicialmente se disponía de modelos establecidos de tres tipos tumorales prevalentes, cáncer de colon, mama y de pulmón. Durante este periodo se han implantado 272 modelos PDX, resaltando la implantación de modelos de otros tipos tumorales, destacando el cáncer de vejiga, riñón, hígado, cerebro, próstata, tiroides, tumores gástricos, ginecológicos y sarcomas. De estos modelos, se dispone de muestras de tejido tumoral, previo a la implantación en el modelo animal, congelado y fijado en formol y embebido en parafina (FFPE), y en los casos establecidos, muestras del injerto post-tratamiento, congelado y FFPE.

Además, el biobanco ha continuado con la captación de muestras, centrada en las áreas de cáncer, enfermedades raras, y medicina regenerativa.

Cesiones de muestras y datos clínicos asociados:

La Unidad ha formalizado la cesión de muestras (con o sin agregación de datos clínicos) a un total de 45 proyectos con un total de 979 muestras cedidas, en su mayoría pertenecientes al área de enfermedades raras, enfermedades oncológicas y medicina regenerativa.

Además, en una selección de estas muestras el B-FJD ha desarrollado herramientas de explotación de fuentes de información no estructurada (historia clínica) por parte de la Unidad de Big Data del departamento de sistemas. Durante el año 2023, esta agregación de datos clínicos se ha realizado en un total de 8 proyectos con un total de 568 muestras.

También se han formalizado cesiones y uso de biomodelos.

Las muestras derivadas de modelos PDX se están empleando en diferentes proyectos de investigación, orientados a la validación de distintos fármacos antineoplásicos y búsqueda de mecanismos moleculares de resistencia y desarrollados por el Grupo de Oncología y para los experimentos in vivo de las diferentes tesis que se desarrollan en su laboratorio y en la realización de los proyectos FIS "Inmunosensibilización de los subtipos moleculares inmunoresistentes de cáncer de colon a través de la modulación de la ruta YAP/FOXP3/TGFb y del bromodominio", "Desarrollo de xenoinjertos individuales de pacientes con carcinoma neuroendocrino para la aproximación al uso de potenciales terapia" y "Desarrollo de modelos PDX y estudio de las actividades metabólicas de la vitamina C en tumores con mutación en el gen KRAS".

Actividades de la transferencia hacia la empresa de las actividades generadas en el Biobanco:

1. Colaboraciones y cesiones de muestras y modelos en el marco de acuerdos con grupos de innovación y con la empresa en el ámbito de la Medicina de Precisión y a la Medicina Regenerativa: el B-FJD ha trabajo como proveedor de servicios para la empresa Inbiomotion S.L., realizando técnicas de hibridación in situ, inmunohistoquímica y con la cesión de muestras.

2. Potenciar el papel del B-FJD en la Red EATRIS: El Biobanco ha atendido a las siguientes solicitudes de la plataforma EATRIS: "New prognostic quantitative biomarker assays for predicting patient response to immune checkpoint inhibitor (ICI) treatment" y "Blood, cells and tissue samples for use in exosome extraction and investigation of biomarkers", además de cumplimentar la encuesta "EATRIS-Plus Multiomics capacities mapping".

Prestación de servicios:

Mejora en la oferta de servicios prestados por la Unidad e Impacto en la demanda.

Desde la concesión de la de la ayuda PT20, el B-FJD ha incrementado su oferta en el procesamiento y almacenamiento de muestras en régimen de Biobanco, enfocada principalmente a los grupos de investigación emergentes del IIS-FJD que no presentan espacios destinados al procesamiento y almacenamiento de las mismas. En la actualidad, el B-FJD está implicado como servicio responsable del procesamiento de muestras en varios ensayos clínicos:

• Ensayo clínico europeo "Caracterización tisular miocárdica en pacientes expuestos a antraciclinas para diagnóstico precoz de cardiotoxicidad. MATRIX", cuyo investigador principal es el Dr. Borja Ibáñez. Ensayo promovido por el IIS-FJD y en colaboración con el CNIC, cuyo, y en el que el B-FJD actúa como laboratorio central del ensayo encargado del procesamiento de las muestras de sangre. Hasta la fecha se han reclutado un total de 40 pacientes con recogida de muestras de sangre completa, plasma y suero en los 6 ciclos de tratamiento.
• Ensayo clínico "Metoprolol intrAvenoso en Distrés Respiratorio Debido a COVID-19: estudio piloto. MADRID-COVID", desarrollado por el equipo del Dr. Borja Ibáñez, en el que se han recogido una total de 20 casos y 80 muestras de sangre completa y lavados broncoalveolares.
• Ensayo clínico "Co-THEIA: Eficacia, seguridad y rentabilidad del metotrexato, adalimumab o su combinación en la uveítis no anterior no infecciosa" promovido por el Hospital Clínico San Carlos, en el que el B-FJD actúa como laboratorio central para procesar las muestras de los pacientes reclutados en la FJD y en el Hospital Rey Juan Carlos, y como Biobanco almacenando las muestras. Hasta la fecha se han reclutado 3 pacientes. Ensayo clínico PI20/01221: Estudio de Calidad de vida de Uveítis, promovido por el Hospital Clínico San Carlos, en el que el Biobanco está trabajando en la recogida y procesamiento de muestras asociadas el proyecto. Hasta la fecha se han reclutado 2 pacientes.

Además, en el transcurso del año 2023, cabe destacar el servicio de almacenamiento prestado al Servicio de Oncología Médica del hospital, de 3089 alícuotas de plasma, suero y sangre completa de un total de 181 pacientes, que han donado sus muestras en régimen de Biobanco, previa firma de CI.

Asimismo, ha potenciado la prestación de servicios orientada principalmente a la realización de técnicas de biología molecular de mayor complejidad y a la digitalización y herramientas de inteligencia artificial de imágenes histológicas. En este aspecto la unidad ha recibido tres solicitudes de digitalización y análisis de imágenes de inmunohistoquímica.

El B-FJD continúa desde 2013 como sede del Biobanco Grupo Español de Investigación en Cáncer de Mama (GEICAM), además de actuar como laboratorio central. El Biobanco ha incrementado la actividad en los últimos 5 años como proveedor de servicios a distintos estudios promovidos por GEICAM. En la actualidad, el Biobanco gestiona un total de 25 colecciones de muestras de estudios clínicos cerrados y 19 colecciones de estudios clínicos activos. Entre las actividades realizadas, se han provisto servicios en cuanto a realización de cortes histológicos, determinaciones moleculares por qPCR o secuenciación masiva y realización y valoración de tinciones inmunohistoquímicas.

Por último, con el fin de unificar la oferta en la cartera de servicios prestados por los Biobancos, el B-FJD ha participado en la solicitud de la Plataforma Nacional de Biobancos para la armonización de las tarifas de servicios. Los resultados fueron presentados a los miembros de la Plataforma en el mes de junio de 2022 y se han mantenido en 2023.

Comunicación del valor del Biobanco a la comunidad de investigadores y a la sociedad general

El Biobanco, al formar parte de la Plataforma Nacional de Biobancos, dispone de toda su información en la nueva web de la Plataforma ISCIII Biomodelos y Biobancos (https://www.isciiibiobanksbiomodels.es). Desde la Plataforma se han solicitado a finales de año los datos de actividad 2023 de los Biobancos integrantes de la plataforma. Esta información ha sido difundida a los investigadores del IIS-FJD.

El Biobanco ha participado en las Jornadas Anuales de Plataformas de apoyo a la investigación promovidas por el IIS-FJD. Además, ha participado con dos ponencias orales en las JORNADAS DE LAS PLATAFORMAS ISCIII DE APOYO A LA I+D+i en BIOMEDICINA Y CIENCIAS DE LA SALUD celebradas en Cádiz los días 18/10/2023 al 20/10/2023: "Nuevos modelos de gestión de donación de muestras en régimen de Biobanco durante la pandemia por SARS-CoV-2. Creación de colección de alto valor, colaboración en Consorcios Internacionales e impacto científico" y "Nuevas estrategias en el proceso de CI para la donación de muestras biológicas en la práctica asistencial. Experiencia del B-FJD", realizadas por el personal contratado a cargo de la financiación de plataformas del ISCIII.

El número de publicaciones que referencian al B-FJD durante el año 2023 ha sido de 33 publicaciones con un índice de impacto medio de 5.8.

Coordinación del Biobanco y proyecto colaborativo

En colaboración con la unidad de Calidad de la FJD se realizado la implantación de la norma ISO 9001 y se está trabajando para la implantación de la norma específica de Biobanco, ISO 20387:2018. Desde noviembre de 2022 el B-FJD está certificado por la norma de gestión de calidad ISO 9001 como plataforma dentro del IIS-FJD. Esta certificación incluye un mapa de procesos definido, unos objetivos e indicadores de calidad, así como un mapa de riesgos específico del Biobanco. Actualmente, y en colaboración con la Unidad de Calidad de la FJD, se está trabajando en la implantación de la acreditación según la norma específica de Biobanco ISO 20387.

Dentro del programa de calidad de la Plataforma Nacional de Biobancos, el B-FJD ha participado en 2023 en un ejercicio de intercomparación, promovido por el Banco Nacional de ADN, para evaluar diversos procedimientos relacionados con la determinación de la calidad de muestras de ADN y ARN. Concretamente en los apartados de determinación concentración y pureza de DNA por espectrofotometría, además del proceso de extracción de ADN de sangre completa. El resultado en ambos procesos fue "satisfactorio" con una calidad de la muestra "óptima".