Genetics and Genomics of Rare and Complex Diseases

Activity summary

The multidisciplinary and translational group, key to clinical activity (diagnosis/prevention) and the development of research lines in numerous rare diseases (RD), collaborating with other groups of the IIS-FJD, contributes to the translation to clinical practice for RD and common genetic diseases. Likewise, the group develops and validates diagnostic algorithms and techniques, as well as therapies and prevention strategies, for the integral care of patients.

Contributions to society

Guides:

-Rare Disease Research. Francesc Palau & Carmen In: Valdés, E., Lecaros, J.A. (eds) Handbook of Bioethical Decisions. Volume I. Collaborative Bioethics, vol 2. Springer Nature, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-031-29451-8_8

-Genética Clínica. Carmen Ayuso. En Bases de la terapéutica medicamentosa. Programa de actualizaciones en Farmacología y Farmacoterapia. Edita: Consejo General de Colegios Oficiales de Farmacéuticos. Depósito Legal: M-35306-2023 ISBN: 978-84-87089-44-2.

-Estudios Genéticos en Distonía en el Manual de la Sociedad Española de Neurología. Recomendaciones para el abordaje de estudios Genéticos en Trastornos del Movimiento, Ataxias y Paraparesias. Lola Díaz Feliz; Pedro J. García Ruiz-Espiga; María José Trujillo Tiebas. Ediciones SEN. ISBN: 978-84-124320-6-0.

-Análisis Estratégico para la implementación de las terapias avanzadas en España. Proyecto ANETA. Grupo de trabajo 3: Evaluación y Financiación. Zozaya, N., Villaseca, J., Fernández, I., Hidalgo, A. 2023. Fundación Weber, Madrid, España. ISBN: 978-84-126632-1-1 D.L.: M-7867-2023 DOI: https://doi.org/10.37666/I17-2023.

-Fundación Instituto Roche. Sanidad del Futuro y Medicina Personalizada de Precisión 2023. ISBN:978-84-09-49490-3. Nº de depósito legal: M-29582-2022.

-Diccionario panhispánico de términos médicos (DPTM, 2023). Redactora y revisora Carmen Ayuso para la Real Academia de Medicina RANME. https://dptm.es/creditos/

Activities for patient associations, secondary school students and society:

"Ensayos clínicos en las distrofias hereditarias de la retina" Taller para pacientes: "Ensayos clínicos: lo que deben saber los pacientes". Organiza Retina-Comunidad Valenciana.

"Coloquio en la Jornada por el Día Internacional de la Mujer y la Niña en la Ciencia" ISCIII.

"Diagnóstico Genético Preimplantacional y Prenatal" Seminario Online para la Asociación Acromates.

"Tecnologías que hacen país" Mesa redonda y debate: Tecnologías que hacen país.

"Cáncer de mama hereditario" Cátedra Fundación QUAES.

"FSHD y planificación familiar. Aspectos genéticos" Facio Escapulo Humeral Asociación España.

"Pseudohiperpotasemia benigna familiar" Abril mes de la Genética.

"Arquitectura genética del cáncer de mama familiar" Abril mes de la Genética.

"La ciencia de lo singular" En el Podcast Ética de la Investigación biomédica CIEBERER-Share4Rare.

"Diagnóstico genético de enfermedades raras" Las enfermedades raras: minoritarias cada una de ellas, pero afectan a millones de personas. Curso UIMP verano 2023.

"Papel de la Bioinformática en el diagnóstico y estudio de enfermedades raras" Las enfermedades raras: minoritarias cada una de ellas, pero afectan a millones de personas. Curso UIMP verano 2023.

"Trastorno de la personalidad ¿es hereditario?" Asociación de pacientes AMAITLP.

"¿Qué realidad se esperan nuestros genes?" Jornada Re-Inaugural de Filosofía, Evolución y Salud: Las diferentes Realidades en Salud y Enfermedad.

"Organización y Conclusiones de la Jornada" XXV Jornadas de Investigación Fundación Lucha Contra la Ceguera FUNDALUCE.

Comité Científico FARPE; Representante: Retina International, Comité Buen Gobierno FEDER; Asesora: Choroideremia Research Foundation, DGenes, Asociación Incontinentia Pigmenti y Aniridia-Europa, Asociación Española de Aniridia, Asociación Access de Luz, FEDER.

Comité científico: Guerreros púrpura

Collaborations

CONSORCIOS Y PROYECTOS INTERNACIONALES: Beyond 1 Million Genomes (ELSI), ERDC, Aniridia-Net Cost Action, Optic Atrophy-OPA8, GoOD.2) CIMBA (Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2), MERGE (Male Breast Cancer Genetics Consortium). Proyectos Internacionales: NEXOME (Rivolta Lausanne University). WGS Easigenomics. Otras: UCL, Oxford-University, INSERM, Semmelweis University, Hungría, EMQN (European Molecular Quality Network).

CONSORCIOS NACIONALES: IMPaCT-Genómica (WP1; Ético-legal, WP3; Data sharing, WP4; Cáncer, IMPaCT-Data, IMPaCT Vuscan, TransBioNet, GEICAM (Asociación Grupo Español de Investigación en Cáncer de Mama), CLASSIFI_ER, GRUPOS DE TRABAJO-CIBERER: Bioinformática (PMínguez), MODALT-EERR (MCortón), Terapias RNA (CAyuso), RNA-Seq (CAyuso), Hallazgos genómicos secundarios (CAyuso), Epi-ENOD; Epigenómica (BAlmoguera), SpadaHC (Spanish variant database for hereditary cáncer).

COLABORACIONES CON OTROS GRUPOS IIS-FJD: Nefrología e Hipertensión, Patología vascular y diabetes, Innovación Médica y Quirúrgica, Terapias Avanzadas, Medicina Preventiva-Salud Pública y Atención primaria, Unidad de Epidemiología y Bioestadística, Anatomía Patológica, Reumatología y Metabolismo Óseo, Innovación en Oftalmología, Oncología Médica, Investigación en nuevas terapias, Hematología, Enfermedades infecciosas y Medicina tropical, Sistemas informáticos, Alergia e inmunología, Microbiología, Señalización Mitocondrial del calcio, Neurología, Patología de Lípidos: clínica y experimental (adulto y niño).

PhD Theses

6.5.1-GENÉTICA-TESIS

List of publications ordered by publication date

Methylation analysis by targeted bisulfite sequencing in large for gestational age (LGA) newborns: the LARGAN cohort.

Carrizosa-Molina T, Casillas-Díaz N, Pérez-Nadador I, Vales-Villamarín C, López-Martínez MÁ, Riveiro-Álvarez R, Wilhelm L, Cervera-Juanes R, Garcés C, Lomniczi A, Soriano-Guillén L.

Clin Epigenetics. 2023 Dec 13.15(1):191.

PMID: 38093359

FI: 5,7

HLA-A*11:01 and HLA-C*04:01 are associated with severe COVID-19.

Castro-Santos P, Rojas-Martinez A, Riancho JA, Lapunzina P, Flores C, Carracedo Á, Díaz-Peña R; Scourge Cohort Group (Llanos L, Almoguera B, Ayuso C, Corton M, Mínguez P, Mahillo-Fernández I, Zazo S, Rojo F, Gadea I, Sarah Heili-Frades,Sanchez-Pernaute O).

HLA. 2023 Dec;102(6):731-739.

PMID: 37528566

FI: 8

KCNV2-associated retinopathy: genotype-phenotype correlations - KCNV2 study group report 3.

de Guimaraes TAC, Georgiou M, Robson AG, Fujinami K, Vincent A, Nasser F, Khateb S, Mahroo OA, Pontikos N, Vargas ME, Thiadens AAHJ, Carvalho ER, Nguyen XT, Arno G, Fujinami-Yokokawa Y, Liu X, Tsunoda K, Hayashi T, Jiménez-Rolando B, Martin-Merida MI, Avila-Fernandez A, Salas EC, Garcia-Sandoval B, Ayuso C, Sharon D, Kohl S, Huckfeldt RM, Banin E, Pennesi ME, Khan AO, Wissinger B, Webster AR, Heon E, Boon CJF, Zrenner E, Michaelides M.

Br J Ophthalmol. 2023 Oct 18.

PMID: 37852740

FI: 4,1

ABCA4 c.6480-35A>G, a novel branchpoint variant associated with Stargardt disease.

Rodríguez-Hidalgo M, de Bruijn SE, Corradi Z, Rodenburg K, Lara-López A, Valverde-Megías A, Ávila-Fernández A, Fernandez-Caballero L, Del Pozo-Valero M, Corominas J, Gilissen C, Irigoyen C, Cremers FPM, Ayuso C, Ruiz-Ederra J, Roosing S.

Front Genet. 2023.14:1234032.

PMID: 37779911

FI: 3,7

Prenatal and infantile diagnosis of craniosynostosis in individuals with RASopathies.

Serbinski CR, Vanderwal A, Chadwell SE, Sanchez AI, Hopkin RJ, Hufnagel RB, Weaver KN, Prada CE.

Am J Med Genet A. 2023 Sep 29.

PMID: 37774117

FI: 2

TBC1D32 variants disrupt retinal ciliogenesis and cause retinitis pigmentosa.

Bocquet B, Borday C, Erkilic N, Mamaeva D, Donval A, Masson-Garcia C, Parain K, Kaminska K, Quinodoz M, Perea-Romero I, Garcia-Garcia G, Jimenez-Medina C, Boukhaddaoui H, Coget A, Leboucq N, Calzetti G, Gandolfi SA, Percesepe A, Barili V, Uliana V, Delsante M, Bozzetti F, Scholl HP, Corton M, Ayuso C, Millan JM, Rivolta C, Meunier I, Perron M, Kalatzis V.

JCI Insight. 2023 Sep 28.

PMID: 37768732

FI: 8

The enduring enigma of sporadic chorea: A single center case series.

Garcia Ruiz PJ, Feliz LD, Feliz CE, Sanchez IL, Fernandez AA, Kelly FB, Tiebas MJT, Del Val J, Vinagre IN.

Tremor Other Hyperkinet Mov (N Y). 2023.13:33.

PMID: 37692071

FI: 2,2

A second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19.

COVID-19 Host Genetics Initiative (Ayuso C).

Nature. 2023 Sep.621(7977):E7-E26.

PMID: 37674002

FI: 64,8

Snijders Blok-Campeau Syndrome: Description of 20 Additional Individuals with Variants in CHD3 and Literature Review.

Pascual P, Tenorio-Castano J, Mignot C, Afenjar A, Arias P, Gallego-Zazo N, Parra A, Miranda L, Cazalla M, Silván C, Heron D, Keren B, Popa I, Palomares M, Rikeros E, Ramos FJ, Almoguera B, Ayuso C, Swafiri ST, Barbero AIS, Srinivasan VM, Gowda VK, Morleo M, Nigro V, D'Arrigo S, Ciaccio C, Martin Mesa C, Paumard B, Guillen G, Anton ATS, Jimenez MD, Seidel V, Suárez J, Cormier-Daire V, Consortium TS, Nevado J, Lapunzina P.

Genes (Basel). 2023 Aug 23.14(9).

PMID: 37761804

FI: 3,5

Congenital aniridia patients' experience on their visual impairment in Hungary.

Csidey M, Grupcheva C, Stachon T, Hecker D, Náray A, Kéki-Kovács K, Németh O, Knézy K, Bausz M, Szigeti A, Csorba A, Kormányos K, Szabó D, Corton M, Tory K, Nagy ZZ, Lagali N, Maka E, Szentmáry N.

Orv Hetil. 2023 Aug 27.164(34):1342-1349.

PMID: 37634154

FI: 0,6

Comparison of Extracellular Vesicle Isolation Methods for miRNA Sequencing.

Llorens-Revull M, Martínez-González B, Quer J, Esteban JI, Núñez-Moreno G, Mínguez P, Burgui I, Ramos-Ruíz R, Soria ME, Rico A, Riveiro-Barciela M, Sauleda S, Piron M, Corrales I, Borràs FE, Rodríguez-Frías F, Rando A, Ramírez-Serra C, Camós S, Domingo E, Bes M, Perales C, Costafreda MI.

Int J Mol Sci. 2023 Jul 29.24(15).

PMID: 37569568

FI: 5,6

Staging of aniridia-associated keratopathy.

Náray A, Fries FN, Csidey M, Kéki-Kovács K, Németh O, Knézy K, Bausz M, Szigeti A, Csorba A, Kormányos K, Szabó D, Corton M, Tory K, Nagy ZZ, Maka E, Szentmáry N.

Orv Hetil. 2023 Jul 09.164(27):1063-1069.

PMID: 37422887

FI: 0,6

Comprehensive genotyping and phenotyping analysis of GUCY2D-associated rod- and cone-dominated dystrophies.

Rodilla C, Martín-Merida I, Blanco-Kelly F, Trujillo-Tiebas MJ, Avila-Fernandez A, Riveiro-Alvarez R, Pozo-Valero MD, Perea-Romero I, Swafiri ST, Zurita O, Villaverde C, López MA, Romero R, Iancu IF, Núñez-Moreno G, Jiménez-Rolando B, Martin-Gutierrez MP, Carreño E, Minguez P, García-Sandoval B, Ayuso C, Corton M.

Am J Ophthalmol. 2023 Jun 15.

PMID: 37327959

FI: 4,2

Long-read genome sequencing identifies cryptic structural variants in congenital aniridia cases.

Damián A, Núñez-Moreno G, Jubin C, Tamayo A, de Alba MR, Villaverde C, Fund C, Delépine M, Leduc A, Deleuze JF, Mínguez P, Ayuso C, Corton M.

Hum Genomics. 2023 Jun 02.17(1):45.

PMID: 37269011

FI: 4,5

Ovarian cancer pathology characteristics as predictors of variant pathogenicity in BRCA1 and BRCA2.

O'Mahony DG, Ramus SJ, Southey MC, Meagher NS, Hadjisavvas A, John EM, Hamann U, Imyanitov EN, Andrulis IL, Sharma P, Daly MB, Hake CR, Weitzel JN, Jakubowska A, Godwin AK, Arason A, Bane A, Simard J, Soucy P, Caligo MA, Mai PL, Claes KBM, Teixeira MR, Chung WK, Lazaro C, Hulick PJ, Toland AE, Pedersen IS, HEBON Investigators, Neuhausen SL, Vega A, de la Hoya M, Nevanlinna H, Dhawan M, Zampiga V, Danesi R, Varesco L, Gismondi V, Vellone VG, James PA, Janavicius R, Nikitina-Zake L, Nielsen FC, van Overeem Hansen T, Pejovic T, Borg A, Rantala J, Offit K, Montagna M, Nathanson KL, Domchek SM, Osorio A, García MJ, Karlan BY, GEMO Study Collaborators, De Fazio A, Bowtell D, AOCS Group, McGuffog L, Leslie G, Parsons MT, Dörk T, Speith LM, Dos Santos ES, da Costa AABA, Radice P, Peterlongo P, Papi L, Engel C, Hahnen E, Schmutzler RK, Wappenschmidt B, Easton DF, Tischkowitz M, Singer CF, Tan YY, Whittemore AS, Sieh W, Brenton JD, Yannoukakos D, Fostira F, Konstantopoulou I, Soukupova J, Vocka M, CZECANCA Consortium, Chenevix-Trench G, Pharoah PDP, Antoniou AC, Goldgar DE, Spurdle AB, Michailidou K, Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2, Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles Consortium.

Br J Cancer. 2023 Jun.128(12):2283-2294.

PMID: 37076566

FI: 8,8

GWAS and meta-analysis identifies 49 genetic variants underlying critical COVID-19.

Pairo-Castineira E, Rawlik K, Bretherick AD, Qi T, Wu Y, Nassiri I, McConkey GA, Zechner M, Klaric L, Griffiths F, Oosthuyzen W, Kousathanas A, Richmond A, Millar J, Russell CD, Malinauskas T, Thwaites R, Morrice K, Keating S, Maslove D, Nichol A, Semple MG, Knight J, Shankar-Hari M, Summers C, Hinds C, Horby P, Ling L, McAuley D, Montgomery H, Openshaw PJM, Begg C, Walsh T, Tenesa A, Flores C, Riancho JA, Rojas-Martinez A, Lapunzina P; GenOMICC Investigators; SCOURGE Consortium; ISARICC Investigators; 23andMe COVID-19 Team; Yang J, Ponting CP, Wilson JF, Vitart V, Abedalthagafi M, Luchessi AD, Parra EJ, Cruz R, Carracedo A, Fawkes A, Murphy L, Rowan K, Pereira AC, Law A, Fairfax B, Hendry SC, Baillie JK. (Llanos L, Ayuso C, Gadea I, Sarah Heili-Frades, Sanchez-Pernaute O).

Nature. 2023 May;617(7962):764-768.

PMID: 37198478

FI: 64,8

p53 and ovarian carcinoma survival: an Ovarian Tumor Tissue Analysis consortium study.

Köbel M, Kang EY, Weir A, Rambau PF, Lee CH, Nelson GS, Ghatage P, Meagher NS, Riggan MJ, Alsop J, Anglesio MS, Beckmann MW, Bisinotto C, Boisen M, Boros J, Brand AH, Brooks-Wilson A, Carney ME, Coulson P, Courtney-Brooks M, Cushing-Haugen KL, Cybulski C, Deen S, El-Bahrawy MA, Elishaev E, Erber R, Fereday S, AOCS Group, Fischer A, Gayther SA, Barquin-Garcia A, Gentry-Maharaj A, Gilks CB, Gronwald H, Grube M, Harnett PR, Harris HR, Hartkopf AD, Hartmann A, Hein A, Hendley J, Hernandez BY, Huang Y, Jakubowska A, Jimenez-Linan M, Jones ME, Kennedy CJ, Kluz T, Koziak JM, Lesnock J, Lester J, Lubiński J, Longacre TA, Lycke M, Mateoiu C, McCauley BM, McGuire V, Ney B, Olawaiye A, Orsulic S, Osorio A, Paz-Ares L, Ramón Y Cajal T, Rothstein JH, Ruebner M, Schoemaker MJ, Shah M, Sharma R, Sherman ME, Shvetsov YB, Singh N, Steed H, Storr SJ, Talhouk A, Traficante N, Wang C, Whittemore AS, Widschwendter M, Wilkens LR, Winham SJ, Benitez J, Berchuck A, Bowtell DD, Candido Dos Reis FJ, Campbell I, Cook LS, DeFazio A, Doherty JA, Fasching PA, Fortner RT, García MJ, Goodman MT, Goode EL, Gronwald J, Huntsman DG, Karlan BY, Kelemen LE, Kommoss S, Le ND, Martin SG, Menon U, Modugno F, Pharoah PD, Schildkraut JM, Sieh W, Staebler A, Sundfeldt K, Swerdlow AJ, Ramus SJ, Brenton JD.

J Pathol Clin Res. 2023 May.9(3):208-222.

PMID: 36948887

FI: 4,1

VIsoQLR: an interactive tool for the detection, quantification and fine-tuning of isoforms in selected genes using long-read sequencing.

Núñez-Moreno G, Tamayo A, Ruiz-Sánchez C, Cortón M, Mínguez P.

Hum Genet. 2023 Apr.142(4):495-506.

PMID: 36881176

FI: 5,3

The neurodevelopmental and facial phenotype in individuals with a TRIP12 variant.

Aerden M, Denommé-Pichon AS, Bonneau D, Bruel AL, Delanne J, Gérard B, Mazel B, Philippe C, Pinson L, Prouteau C, Putoux A, Tran Mau-Them F, Viora-Dupont É, Vitobello A, Ziegler A, Piton A, Isidor B, Francannet C, Maillard PY, Julia S, Philippe A, Schaefer E, Koene S, Ruivenkamp C, Hoffer M, Legius E, Theunis M, Keren B, Buratti J, Charles P, Courtin T, Misra-Isrie M, van Haelst M, Waisfisz Q, Wieczorek D, Schmetz A, Herget T, Kortüm F, Lisfeld J, Debray FG, Bramswig NC, Atallah I, Fodstad H, Jouret G, Almoguera B, Tahsin-Swafiri S, Santos-Simarro F, Palomares-Bralo M, López-González V, Kibaek M, Tørring PM, Renieri A, Bruno LP, Õunap K, Wojcik M, Hsieh TC, Krawitz P, Van Esch H.

Eur J Hum Genet. 2023 Apr.31(4):461-468.

PMID: 36747006

FI: 5,2

Biallelic intragenic tandem duplication of CPLANE1 in Joubert syndrome: A case report.

Martínez-Granero F, Martínez-Cayuelas E, Rodilla C, Núñez-Moreno G, Rodríguez de Alba M, Blanco-Kelly F, Romero R, Minguez P, Ayuso C, Lorda-Sanchez I, Corton M, Almoguera B.

Clin Genet. 2023 Apr.103(4):448-452.

PMID: 36719180

FI: 3,5

Clinical and genetic analysis further delineates the phenotypic spectrum of ALDH1A3-related anophthalmia and microphthalmia.

Kesim Y, Ceroni F, Damián A, Blanco-Kelly F, Ayuso C, Williamson K, Paquis-Flucklinger V, Bax DA, Plaisancié J, Rieubland C, Chamlal M, Cortón M, Chassaing N, Calvas P, Ragge NK.

Eur J Hum Genet. 2023 Mar 31.

PMID: 36997679

FI: 5,2

A crowdsourcing database for the copy-number variation of the Spanish population.

López-López D, Roldán G, Fernández-Rueda JL, Bostelmann G, Carmona R, Aquino V, Perez-Florido J, Ortuño F, Pita G, Núñez-Torres R, González-Neira A, CSVS Crowdsourcing Group, Peña-Chilet M, Dopazo J (Ayuso C).

Hum Genomics. 2023 Mar 09.17(1):20.

PMID: 36894999

FI: 4,5

Congenital aniridia - Hungarian data of a spectrum disease.

Náray A, Csidey M, Kéki-Kovács K, Németh O, Knézy K, Bausz M, Szigeti A, Csorba A, Kormányos K, Szabó D, Stachon T, Corton M, Tory K, Nagy ZZ, Maka E, Szentmáry N.

Orv Hetil. 2023 Jan 29.164(4):148-155.

PMID: 36709437

FI: 0,6

Prioritization of New Candidate Genes for Rare Genetic Diseases by a Disease-Aware Evaluation of Heterogeneous Molecular Networks.

de la Fuente L, Del Pozo-Valero M, Perea-Romero I, Blanco-Kelly F, Fernández-Caballero L, Cortón M, Ayuso C, Mínguez P.

Int J Mol Sci. 2023 Jan 14.24(2).

PMID: 36675175

FI: 5,6

Analysis of Differentially Expressed MicroRNAs in Serum and Lung Tissues from Individuals with Severe Asthma Treated with Oral Glucocorticoids.

Gil-Martínez M, Lorente-Sorolla C, Rodrigo-Muñoz JM, Lendínez MÁ, Núñez-Moreno G, de la Fuente L, Mínguez P, Mahíllo-Fernández I, Sastre J, Valverde-Monge M, Quirce S, Caballero ML, González-Barcala FJ, Arismendi E, Bobolea I, Valero A, Muñoz X, Cruz MJ, Martínez-Rivera C, Plaza V, Olaguibel JM, Del Pozo V.

Int J Mol Sci. 2023 Jan 13.24(2).

PMID: 36675122

FI: 5,6

Minigene Splicing Assays and Long-Read Sequencing to Unravel Pathogenic Deep-Intronic Variants in PAX6 in Congenital Aniridia.

Tamayo A, Núñez-Moreno G, Ruiz C, Plaisancie J, Damian A, Moya J, Chassaing N, Calvas P, Ayuso C, Minguez P, Corton M.

Int J Mol Sci. 2023 Jan 13.24(2).

PMID: 36675087

FI: 5,6

Atypical Mutational Spectrum of SARS-CoV-2 Replicating in the Presence of Ribavirin.

Somovilla P, García-Crespo C, Martínez-González B, Soria ME, de Ávila AI, Gallego I, Mínguez P, Durán-Pastor A, Ferrer-Orta C, Salar-Vidal L, Esteban-Muñoz M, Zuñiga S, Sola I, Enjuanes L, Esteban J, Fernandez-Roblas R, Gadea I, Gómez J, Verdaguer N, Domingo E, Perales C.

Antimicrob Agents Chemother. 2023 Jan 24.67(1):e0131522.

PMID: 36602354

FI: 4,9