Role and objectives

The genomics unit seeks to bring together the different types and lines of research undertaken in the Fundación Jiménez Díaz under a common umbrella so as to create synergies and facilitate collaboration between basic and clinical research across the different specialties and disciplines.

  • Organization and structure.
  • Coordinate the use of the equipment belonging to the unit and supervise its functioning and upkeep.
  • Offer advice on a variety of techniques and protocols.
  • Disseminate knowledge of the functions and applicability of the different pieces of equipment that currently belong to or will eventually be included in the unit, thereby facilitating optimal use. Some such apparatuses include cuvettes and power supply for capillary eletrophoresis, real-time PCRs, dHPLC, and automatic nucleic-acid extractors.
  • Maintenance of the devices used in the unit.
  • Technology setup and implementation of emergent technologies and their methods of use.

The current rise seen in the field of genomics makes it necessary to review and improve protocols, fine-tune existing technology, and incorporate new techniques and machines.


The unit currently has all the equipment necessary to hybridize and interpret array results. This technique will soon be refined on the premises of the Fundación Jiménez Díaz, as a number of ongoing research projects require the technique for their investigations; currently, this task is being outsourced.


Due to the substantial advances seen in the fields of genetics and molecular biology in recent years, the genomics unit provides services to nearly all of the FJD's research groups:

  • Genetics groups: Dr. Carmen Ayuso
  • Neurology group: Dr. José M. Serratosa
  • Nephrology and experimental pathology: Dr. Alberto Ortiz, Dr. Jesús Egido, Dr. Luís Blanco Colio
  • Bone and joint pathology group: Dr. Pedro Esbrit
  • Research groups in rheumatology and experimental biochemistry: Dr. Herrero-Baumont, Dr. Raquel Largo, Dr. Concepción de la Piedra
  • Immunology groups: Dr. Victoria del Pozo Abejón, Dr. Blanca Cárdaba, Dr. Rafael Bragado
  • Pathology group: Dr. F.Rojo

Research projects

The following RESEARCH PROJECTS receive support from the Genomics unit:

Investigador: Ayuso García Carmen

  • A91/005.- Fundación de Investigación Médica Mutua Madrileña. "Caracterización clínica y molecular en distrofias de retina: enfermedad de Stargardt, distrofia de conos bastones y retinosquisis utilizando múltiples aproximaciones".
  • 96/2196.- O.N.C.E. "Investigación Retinosis Pigmentaria".
  • EC07/90393.- FIS,"Utilidad de la farmacogenética para predecir la eficacia y la seguridad de risperidona y otros antipsicóticos atípicos".
  • LSHG-CT-2005-512036. Comunidad Europea. EVI-Genoret.
  • PI060027-FIS. "Caracterización molecular, funcional y fenotípica de varios tipos de DR: enfermedad de Stargardt (STG), distrofia de conos>bastones (CRD), retinosis pigmentaria (RP) y Amaurosis congénita de Leber (LCA) ".
  • PI07/90285-FIS. "Aplicación de chips de ADNs (arrays) al diagnóstico de las enfermedades ocultogenéticas; comparación con las técnicas convencionales".

Investigador: Serratosa José M.:

  • Unión Europea FP6 LSHM-CT-2006-037315. "Functional genomics and neurobiology of epilepsy: a basis for new therapeutic strategies".
  • Ministerio de Educación y Ciencia SAF2004-0715. "Caracterización de genes responsables de las epilepsias idiopáticas"
  • Fundación de Investigación Médica Mutua Madrileña. "Identificación de genes modulares o modificadores del fenotipo de la enfermedad de Lafora en familias con enfermedad de Lafora asociada a mutaciones en los genes EPM2A y EPM2B".
  • FIS. Red CIEN.

Investigador: Esbrit Arguelles Pedro:

  • 5037/001.- Fundación de Investigación Médica Mutua Madrileña. "Papel de la proteína relacionada con la parathormona (pthrp) en los mecanismos de disminución de la viabilidad osteoblástica asociada a la diabetes mellitus".
  • PI080922.- FIS. "Interacciones de los efectos osteogénicos de la parathormona (pth) y la proteína relacionada con la (pthrp) con la vía de señalización osteoblástica de wnt/b catenina en la diabetes mellitus".
  • 06/0013/1002. "Red temática de investigación cooperativa en envejecimiento y fragilidad (reticef)".

Investigador: Egido de los Ríos Jesús:

  • 20170/00175- Fundación Española de Arterioesclerosis. Premio - Beca pfeizer 2001/01.
  • 20170/005- Pfizer S.A. "Potential anti-inflammatory and antifibrotic effects of doxazosin. Implicationsfororganprotectionduringhypertension".
  • RD06/0014/0035 - FIS. "Identificación de marcadores cardiovasculares. Red Cardiovascular".
  • S-GEN-0247/2006.- CM. "Implicación de nuevas tecnologías proteómicas en la búsqueda de marcadores diagnósticos y terapéuticos de enfermedades cardiovasculares".

Investigador: Largo Carazo Raquel:

  • 5283/001- Projech Science to Technology, S. l. Carthros. "Estudio de las rutas metabólicas de las hexosaminas y sus aplicaciones en el tratamiento de las enfermedades osteoarticulares humanas".
  • 5283/002- Fundación de Investigación Médica Mutua Madrileña. "Estudio de la neoangiogénesis en la membrana sinovial y el cartílago articular artrósico y su significado como marcador de sinovitis y factor pronóstico de la enfermedad".
  • PI060032- FIS. "Estudio de la neoangiogénesis de la membrana sinovial y el cartílago articular artrósico y su significado como marcador de sinovitis y factor pronóstico de la enfermedad".

Investigador: Herrero-Beaumont Cuenca Gabriel:

  • 20177/002- Lilly, S.A. "Efecto del tratamiento anabólico óseo sobre el hueso subcondral y el cartílago en la articulación sana y atrófica en un modelo combinado de artrosis y osteoporosis en conejos. interacciones condrocito-osteoblasto-pth en células humanas en cultivo".
  • 3579/003- Fundación MAPFRE. "Efecto biológico de la obesidad en el inicio de la artrosis. Propuesta de un nuevo modelo experimental en conejos".
  • SAF2006-02704-MEC. "Efecto del tratamiento anabólico óseo sobre la evolución de la artrosis en un modelo combinado de osteoporosis y artrosis en conejo en fase de desarrollo".

Investigador: Pozo Abejon Maria Victoria.

  • 56017/001- Fundación de Investigación Médica Mutua Madrileña. "Clonaje y expresión de alergenos recombinantes de diferentes pólenes de importancia alergológica: cupressus a, salsola k y chenopodium a".

PI060055-FIS. "Aplicación de terapia génica en el asma: mecanismo de actuación de la galectina-3 en la inhibición de la respuesta asmática tanto in vitro como in vivo".


Staff


Coordinator

Dr. Carmen Ayuso García

Staff
  • Support services: Cristina Villaverde Montero (contract made possible by the Health Research Fund/FJD).
  • Quality issues: Dr R Fernandez (contract made possible by ISCII).
  • Bioinformatic (IIS-FJD and ISCIII co-funded contract).

Equipment

The genomics unit currently features the following:

  • 2 DNA-extraction systems (Bio-Robot EZ-1, Quiagen)
  • 2 rapid quantitative PCR systems (7500 and 7500 Fast Real-Time PCR, Applied Biosystems)
  • 1 automated 16-capillary sequencer (3130xl Genetic Analyzer, Applied Biosystems)
  • 1 DHPLC system for DNA screening (Transgenomic Wave System)
  • 1 -80º C freezer
  • 1 cold chamber (4º C and -20º C)
  • Arrays: 1 hybridization oven and 1 array reader (to set up genomic arrays, expression, and proteomic techniques inside the hospital)
  • A request has been made to purchase an Arrayit NanoPrint LM60 microarray printer (March 2009, IF09/3663: Project for Infrastructure-Related Subsidies)

Location

Most of the Genomics Unit is located on the second floor of the hospital near the genetics department. There, the department's staff have access to the appropriate facilities to maintain the machines belonging to the unit. This area is also equipped with all the necessary machines for genomics.


Some of the analysis platforms and real-time PCR equipment are shared with the proteomics unit located on the fourth floor.

  • 1 DNA extractor (genetics laboratory, 2nd floor)
  • 1 DNA extractor (immunology laboratory, 4th floor)
  • 2 rapid quantitative PCR machines (shared laboratory/room, 4th floor)
  • 1 automated sequencer (genetics laboratory, 2nd floor)
  • 1 DHPLC system (genetics laboratory, 2nd floor)
  • 1 hybridization oven (genetics laboratory, 2nd floor)
  • 1 array reader (shared laboratory/room, 4th floor)

Rules of use

The rules of use appearing in the "Research sector welcome manual" will apply; also, there is a list of research staff who use the apparatus, and this list is used to assign turns.


Safety rules

  • The only specific rules are those set by the Department of Occupational Health and Prevention in the following documents:
  • Information on biological risks
  • Information on occupational risks in laboratories
  • Safety manual for clinical and research laboratories
  • Actions to be taken in case of a biological accident

None of the safety measures contradict those appearing in the manuals of the different pieces of equipment